mysql停止後ib_logfile* を削除した後、innodb_log_file_size を変更しmysqlを起動する。が、停止する際にログの内容をデータに確実に反映させるために
mysql> set global innodb_fast_shutdown = 0;
を実行してから停止したほうが良いとのこと。出典忘れた。
ちなみにib_logfile* を消さずにパラメータだけ変更した場合、error ログにinnodb のログファイルサイズが一致しないという旨のメッセージが出て起動に失敗する。はず。