phpのconfigureで
--with-libdir=lib64 \ --with-mysql=/usr/local/mysql \
をつけると/usr/local/mysql/lib64 に libmysqlclient_r を探しに行く。
だけどmysqlをsourceから入れても/usr/local/mysql/lib しかできないので
# ln -s /usr/local/mysql/lib /usr/local/mysql/lib64
とsymlink張っておけばconfigureが通るようになる。