あれこれ悩んだ結果、site-lispあたりのsubdirs.elがサブディレクトリ以下をと認識してくれてないことが原因?load-path変数を見ると拾ってくれてるんだけどなぁ。よくわからない。
migemoのディレクトリまでpathを追加したら出来た。
解決した
/usr/share/以下にemacsとかemacs21、21.4やらいろんなディレクトリがあって、さらにシンボリックリンクも含まれてたりで見落としてたのがあった。
/usr/share/emacs/site-lisp/
ここにだけ何故かsubdirs.elがなかったのが原因ぽい。他のとこからコピーしたら動いた。