percsona toolkit には色んなブツがあるけど、そのなかでもpt-query-digest が良いですね。
tcpdump でパケットをキャプチャしてそのまま食わせられるので、mysql 5.0未満で細かい分解能でslowログを出せない、というときでも大活躍。
tcpdumpのoptionはman pt-query-digest の通り。
# tcpdump -s 65535 -x -nn -q -tttt -i any -c 1000 port 3306 > mysql.tcp.txt
# pt-query-digest --type tcpdump mysql.tcp.txt
